Общий фон: 3-я Великая война оставила в памяти шиноби всех селений печальные воспоминания :потеря близких ,разрушенные дома…После окончания тех печальных событий жители скрытых деревень думали,что все конфликты улажены и не будет больше противостояний ,так как Организация Акацки набирает обороты,и вскоре может представить огромную опасность - Время объединяться ,а не ссориться !Но нет…Селение Скрытого Камня решило воспользоваться обшей смутой и попытаться взять реванш за поражение в 3-й войне .После продолжительных тайных переговоров каменцам все же удалось обзавестись поддержкой селений Травы и Облака ,но ,к сожалению для них ,Селение Водопада преследовала лишь выгода и ,обладая нужной информацией ,оно передало эти сведения Конохе за высокую плату ,но отказалось от участия в военных действиях .Начинается подготовка к глобальной ,и возможно последней войне ,которая принесет еще больше потерь и несчастья. На фоне этих событий ,конечно же не обходиться без межличностных конфликтов(решение игроков).
Коноха: Возвращение Наруто и санина Джирайи оказалось как раз кстати ,ведь каждый шиноби теперь на счету .Тсунаде-сама дала приказ об усиленной подготовке молодых нинзя к грядущим событиям .Джоннины,сенсеи и наши герои ,ставшие чуунинами , перераспределяются в новые команды и отправляются на тайные миссии, которые представляют из себя слежку и устранение враждебных шиноби.
Суна: Гаара, ставший казекаге-самой,отправляет в поддержку Конохи добрую часть своих воинов , и удостоверившись что основной удар придется на страну Огня , а не на Суну, сам отправляется в селение.
Ака Цуки: Лидер-сама , воспользовавшись ситуацией , сложившейся между 2-мя сильнейшими странами предлагает помощь по тайному устранению врагов Камню, но взамен, они станут должниками организации. Так же почти все хвостаты учавствуют в боевых действиях, поэтому можно захватывать ослабленных Джинчурики.
Ото: Эту деревню меньше всего волнуют военная усобица. Убив Орочимару, Саске начинает сбор команды Хеби и поиски Итачи , думая что со Змеем покончено. Но Кабуто, являющийся верным слугой Орочимару-сама, находит для санина новое тело, и пересаживает туда его дух. Разозленный на непослушание ребенка, Орочимару начинает разработку плана мести.
